E’ nato a Yokohama, in Giappone, nel1952. Si è laureato in Architettura presso l’Università Nazionale di Yokohama nel 1976. E’ stato collaboratore dello studio Arata Isokazi & Associates fin dal 1979.
Nel 1984 fonda la Makoto Sei Watanaba/Architect’s Office. Ha tenuto lezioni e conferenze presso la Denki University di Tokyo, presso la Housei University e presso la National University di Yokohama.
I suoi principali progetti architettonici comprendono l’Aoyama Technical College a Tokyo, la Mura-No-Terrace a Gifu, l’edificio per abitazioni Atlas, il K-Museum e la Stazione per la Metropolitana, ancora a Tokyo. Inoltre ha progettato la Shin Minamata Station a Kumamoto e la Shangi House a Shangi (Cina).
Il suo lavoro ha ottenuto premi e riconoscimenti, come l’ASLA (American Society of Landscape Architects) Professional Award nel 1997, il Gold Prize of Good Design Award nel 2001, il Prize of AIJ nel 2002.
Fra le pubblicazioni a lui dedicate ricordiamo la monografia Makoto Sei Watanabe, edita da Arcaedizioni nel 1998, la monografia giapponese Kentiku wa yawarakai kagaku ni tikazuku, nel 2002 e il volume Induction Design, pubblicato a Birkhauser in Svizzera nel 2002, apparso anche in edizione italiana nel 2004.